В качестве телепата могу предположить две версии:
1) Если мышь и/или клавиатура беспроводные, да еще и из разных комплектов или одновременно подключены ещё какие-нибудь манипуляторы (например, графический планшет) или беспроводные устройства, то могут быть проблемы из-за "перекрытия" канала связи (в случае беспроводных устройств) или борьбы за команды, посылаемые нескольких схожими устройствами (не знаю как правильно подобрать терминологию). Такое случается, если перо графического планшета положить не куда-то в сторону или в специальную выемку на корпусе планшета, а на саму поверхность планшета. В этом случае он может блокировать передвижения мыши - типичный случай. Ещё у меня случается, что беспроводная мышь и проводная не могут поделить между собой одну игру - управлять вообще не возможно, пока не отключишь беспроводную. В то же время в других программах такой проблемы нет.
2) Неправильный видео-драйвер. Оно, конечно, не очевидно, но из-за криво вставшего видеодрайвера в Ubuntu могут начать любые глюки, даже с железом. Выход- поставить правильный (подходящий) видеодрайвер.