lunaa, способ первый - выключать систему правильно, через меню выключения.
Способ второй и в случае систематически неправильного выключения системы, крайне вредный для целостности таковой:
sudo $EDITOR /etc/fstab
Последнюю цифру в строке параметров монтирования раздела меняем на ноль. Сохраняем и перезагружается. Всё.
Пысы
Если-таки выключаете систему правильно, но проверка все равно происходит, то есть смысл задуматься о сохранении данных и покупке нового носителя, скорее всего диск начинает сыпаться, система чай тоже не дура.