Попробуйте вот так
ssh user@machine "yes | rpm -i app.rpm"
Рпм вроде умеет брать пакеты из сети, если ему подставить урл.
Надо будет только разрулить с правами. Дать юзеру право использовать судо рпм без пароля, настроить логин в ssh по ключам, поднять фтпшник с пакетами и можно ставить/обновлять пакеты на весь парк одним скриптом.