Аэлита,
вообще, по-правильному нужно в Wine отдельно программы устанавливать, а не запускать с разделов Windows. Но если у вас работает такой странный способ, то попробуйте через терминал запустить:
cd полный_путь_файлу.ехе
wine название_файла.ехе
что отвечает?