wajnon,
Вот на 100% не уверен, но думаю никаких левых галочек он не ставил.
Система c UEFI, в БИОС режим совместимости не включал, поэтому имеется раздел EFI.
Система автоматом поставилась с LVM, отсюда и ubuntu-vg. Все нормально, в общем. Хоть я и предпочитаю десктоп без LVM, но в данном случае нет ничего странного.
Андрей Ч,
Пользуйся и не парься.