А еще иногда (например, для нестандартно установленных программ) удается задать программу по умолчанию только так:
- чтоб система знала о существовании программы, создать в /usr/bin/ символическую ссылку на ее исполняемый файл
- добавить свой тип файла (определяется выхлопу команды mimetype /полный_путь/к/сваему_файлу) и задать ассоциацию, отредактировав в gedit файл mimeapps.list: gedit ~/.local/share/applications/mimeapps.list
если кому интересно, но не совсем понятно, то вот
тут все поэтапно описано на примере с Varicad