Видимо я не понятно изъяснился, извиняюсь. Некоторые IDE при запуске программы в них запускают терминал\консоль, в которой и выводится результат работы программы. До NetBeans я пользовался QT Creator'ом, который так и делал по умолчанию-Выводил программу в запущенный терминал. Недавно перешел на NetBeans, и такой функции пока не вижу.