Не знаю, чем помочь, и даже не уверен, нужно ли помогать. Даже при обновлении с одной версии системы на другую на одном компьютере рекомендуют отключить фирмовые видео-драйвера и все сторонние репозитории в придачу, включая тот, с которого устанавливали этот самый видео-драйвер). Поэтому могу предположить, что и при создании резервной копии это не баг, а полезная фича.
Но подождите ещё советов.