Честно говоря, как использовать сторонний репозиторий приоритетным я не знаю. Может старшие товарищи подскажут.
Я бы, как минимум, попробовал бы удалить эти пакеты и заново поставить (с подключенным репо от nginx). Если сработает - хорошо, нет - тогда установится коробочная версия nginx