Столкнулся с такой-же проблемой, программа multisystem не создавала на флешке граб из-за того что я ее примонтировал с помощью программы disk в /media/usb а надо было в /media/моеимяпользователя/usb из-за этого нехватало прав на работу этой программы в этом разделе /media/usb.
Вообщем надо монтировать флешку так /media/моеимяпользователя/usb
Я подозреваю, что проблема в этом...