А вы читали, что там написано сверху?
"Внимание. Если у вас оригинальная Ubuntu 16.04 (Unity). Рекомендуется вместо bumblebee использовать Nvidia prime. Данная инструкция больше подходит для пользователей Xubuntu, Lubuntu, Ubuntu MATE, Gnome Ubuntu. На текущий момент проект bumblebee имеет проблемы совместимости с оригинальной Ubuntu 16.04 "