4 - Это обычно те, которые вы устанавливали из скачанного deb-пакета, НЕ через apt-get/aptitude/synaptic
5 - Это если какой-то пакет нужен был для работы другого, потом вы другой удалили, а первый остался. Все, что в этом разделе находится, можно со спокойной совестью удалять.