Это возможно. Но я бы поступил иначе.
Установите ваш сервер на BTRFS, тогда для подготовки к резервному копированию достаточно будет остановить критичные сервисы на пару секунд и снять снапшот с системного раздела.
Потом запустить сервисы обратно, а снапшот свернуть и залить на NAS параллельно с основной работой.