Собственно проблема указана в теме, попытка убить из под рута киллаллом - не помогает (не убивается), только перезагрузка Х или ожидание несколько минут, что естественным образом напрягает.
Вопрос в методе уменьшения времени ожидания неотвечающего (несуществующего) потока.