Видимо, в 16.04 снова cfq по умолчанию включили..
Ага, была такая фигня- чет там, если память не изменяет, c cfq не в порядке было- переключались на deadline.
А этот бажок у меня наблюдался на 14-й.
Победил переходом на ядро в ck- и pf- патчами- конкретно bfq+bfs + магия в sysctl.conf
ТОчно что помогло- не понял, но проблема ушла и я потерял к ней интерес)) Кстати, она проявлялась не только при копировании, но и при архивировании/разархивировании, подключении HDD какого-нибудь, Гб эдак на 500.
И у меня не подлагивало, а четко так, стабильно зависало до окончания процесса копирования/архивирования/чтения диска