Ставил утилиту rcconf , показывает что скрипт стоит в автозагрузке, и судя по логам он запускается, но, не может увидеть файл второго скрипта который надо запустить. Я бы не стал так гемороится двумя скриптами, но по другому добавить в автозагрузку нужный мне скрипт находящийся не в папке init.d не получается.