А что Вам мешает проверить? Установите wine, .NET 4.0 и запустите Вашу программу. Не заработало?... В зависимости от того, какие компоненты фреймворка Вы использовали при разработке приложения, часть (или весь код) можно попробовать портировать в mono. Для тех же компонентов, которые не реализованы в mono, найти альтернативное решение в "среде исполнения" GNU/Linux.