Я бы сделал так:
1. Загрузить виртуалку с лайв диска
2. Убавить размер раздела с Ubuntu до приемлемого (немного больше, чем занято системой). Gparted в помощь.
3. Клонезиллой снять образ раздела
4. Машину загрузить с диска клонезиллы
5. Накатить образ на раздел физического диска
6. Восстановить grub
Если что-то упустил, то, думаю, ребята дополнят