Интересно, вы точно все почистили, или просто удалили метапакеты?
sudo apt-get purge xubuntu-desktop
sudo apt-get remove xubuntu-desktop
sudo apt-get autoremove
Это список команд, которые я выполнил для удаления каждого пакета. Не знаю, может этого не достаточно для полного удаления.
На счет наутилуса. При установке одной из графических оболочек он обновился (изменил внешний вид). и бог бы с ним, но эти мерзкие черные треугольники, которые появились по углам окна меня дико раздражают (это кстасти характерно для всех окон в той графической среде. При ее удалении проблема осталась только с наутилусом).