Восстановить из бэкапа (если он делался и существует, - я для этих целей раз в неделю снимок системного раздела делаю через dd в образ; есть специализированный софт, но не пользовался - не подскажу), либо переустановить все с нуля.
Возможно, конфликт вызван не столько обновлением, сколько наличием раздела /home от 16.04? Если таковой есть, - проверьте работу в гостевом сеансе, или создайте нового пользователя - будут ли у него те же сбои, что Вы описываете?