Раздел - более традиционный подход для linux-систем, его целесообразнее использовать, если выполняется одно из следующих условий:
1) у Вас классический HDD (так как раздел не подвержен фрагментации),
2) если у Вас на одной машине несколько систем Linux (он будет использоваться всеми, и следовательно экономия места),
3) если Вы - ретроград, и предпочитаете всё старое, доброе, стабильное...
Файл подкачки - более новый подход, его целесообразно использовать если выполняются все следующие условия:
1) у Вас только одна система Linux,
2) Вы не знаете точно, сколько Вам нужно свопа,
3) у Вас SSD, которому плевать на фрагментацию.
Сейчас диск разбит на три раздела: /, swap, home
Если у Вас уже всё размечено, и Вас такой расклад устраивает, то менять ничего уже не стоит.