Но больше ни у одного юзера в даше его нет.
Потому, что эта информация находится в файле ~/.config/dconf/user. А он у каждого пользователя свой.
Можешь посмотреть. Запускаешь dconf-editor. Идешь: org > gnome > shell > favorite-apps.
/home/user1/Myapp.desktop
и сделал ссылку в /usr/share/applications
Если нужен доступ к нему нескольким пользователям, то нет смысла огород городить. Помещай сразу в /usr/share/applications.
Как это сделать приложение доступным всем из даша?
Вариант правильный. В каждом пользователе поместить его в даш.
Вариант неправильный. В файле /usr/share/glib-2.0/schemas/10_ubuntu-settings.gschema.override находится дефолтное значение, для всей системы.
Можно вписать в этот файл. Но в случае обновления, этот файл может быть перезаписан и все твои изменения потеряются.
Можно создать свой файл, что-то типа 90_myapp.gschema.override, его никто не должен перезаписать.