Я так понял что фишка snap и flatpack в том что всё свое ношу с собой.
Не правильно понял. Более того, ты даже не пытался понять, ну почитай документацию, нет зачем читать, лучше мнение высказать ни на чём не основанное...
Flatpak имеет две особенности по сравнению с традиционными пакетами и пакетными менеджерами типа deb, rpm и других аналогичных
1. Совместимость с любым линукс дистрибутивом, для этого не обязательно носить всё с собой для этого предназначены свои зависимости для флатпакета и называются они рантаймом (runtime)
2. Изоляция процессов от основной системы, в том числе от пользовательских файлов. То есть песочница для каждого приложения, которая работает автоматически и не влияет на производительность.
Угадай с одного раза, для каких типов приложений нужны две эти особенности, в основе которых и заключается смысл flatpak. Snap в общем то аналогичен, но у него немного другой вектор использования, впрочем Snap вполне можно считать конкурентом Flatpak.
У Flatpak нет цели заменить традиционную пакетную систему.