А в этом же окне, выше, включить "Показывать системные уведомления." Точно не скажу, так как не пользуюсь не Unity, не Telegram, но, по-идее, это должно решить проблему, так как иконка из трея исчезнет, а уведомления будут (надеюсь) отображаться силами самой ОС в правом верхнем углу.