Стоит понять, почему у вас запускается VBoxHeadless и устранить эту причину. Без запуска виртуалок не должен запускаться. Может вы Vagrant используете, например? Стоит посмотреть на параметры процесса VBoxHeadless, может стать яснее:
pgrep -fl VBoxHeadless
Также стоит посмотреть
VBoxManage list runningvms
Поняв, что же за виртуалка там работает, понять, нужна ли она вам. Или как попасть внутрь и посмотреть, что же за процессы там такие толстые, может их как-нибудь урезонить.
Ну и снаружи виртуалки конечно тоже можно, какие-нибудь cgroups, но это последняя мера должна быть.