Это даже не про личные файлы, это все файлы, доступ к /
У Flatpak такое же разрешение:
org.blender.Blender permissions:
ipc network pulseaudio x11 dri
file access [1]
[1] host
Конечно, если не запускать от рута, доступ будет только на чтение.
Могу только предположить, что исходники и результаты работы данного ПО не у всех помещаются в домашнюю папку, и разработчики решили не заморачиваться перечислением всех возможных пунктов монтирования доп. дисков.