Сталкивался с такой ситуацией: если брал флешку с "мусором", просто удалял все файлы или даже переформатировал, multisystem ставился криво, образы писались, но не работали. Если же пересоздавал раздел, дальше все шло хорошо. Такая же бодяга была и с unetbootin. Может, это особенность некоторых флешек, у меня silicon power.