К непосредственно wine вопрос не имеет никакого отношения.
Перенесено в "Для новичков в Ubuntu".
Вам
это следует почитать.
А вообще, зависит и от того, как удаляли. Корзину тоже никто не отменял. Если без корзины (shift+delete / rm / ...), то с учетом того, что диском продолжаете пользоваться, шансы крайне малы на восстановление.