C wireguard не знаком еще, но если сетап аналогичен openvpn, то он должен пушить настроенный на сервере dns. Возможно, wireguard предусматривает dns запросы только к пиру или серверу, нужно почитать мануал. Если нужно просто оставить локально заданный dns и используется resolv.conf, то в качестве костыля - chattr +i
. Что у тебя, кстати, на 127.0.0.53 крутится?