Репозиторий один, пакеты одни и теже, соответственно конфиги одни и теже, соответственно это один и тот же дистрибутив. Разницы никакой. Но, если Вы поставите Ubuntu+KDE у Вас будет стоять Gnome и KDE, а если поставите только Kubuntu, то у Вас будет стоять только KDE и не будет никакого Gnome. Поскольку мало кто использует несколько DE, то логично под разные DE выделять отдельные CD диски. Установщик же в Ubuntu простой, ему нельзя сказать хочу KDE и не хочу Gnome, вот по этому так и происходит. Зачем мне ставить, то чего мне нужно, а потом ещё возится с удалением этого? Если нужен и KDE и Gnome, то без разницы Kubuntu+Gnome или Ubuntu+KDE, абсолютно равнозначные вещи.
Можно сказать что это стандартные глюки KDE, так нет, в других дистрибутивах (а их перепробовал уже достаточно) такого нет. Даже в Debian 
Ну ты сравнил. Ubuntu, которая базируется на
нестабильной ветке дебиана и дебиан, который самый качественный дистрибутив GNU/Linux из всех, что я видел.
PS: KDE4 -- зло, ставьте KDE3.5.
