Скорость и баш - понятия несовместимые. Если вам надо изменить файл, то собственно source тут ни при чём. Используйте sed, perl, может даже awk. Или что-то ещё. Сам баш не имеет никаких конструкций для изменения файла по шаблону. Но. Если список переменных в этом вашем файле у вас фиксирован, то можно написать скрипт, который будет заменять значение для указанной переменной и писать новый файл myconfig на чистом баше. Но в этом случае файл будет каждый раз перегенерироваться целиком и там будут оставаться только переменные (все комментарии и форматирование будет удаляться)