jack_solovey, покажите нам и изучите сами выводы команд:
apt list --upgradable
pkgs=`apt list --upgradable 2>/dev/null | grep \/ | column -t -s '/' | awk '{print $1}'`; for pkg in $pkgs; do apt-cache madison $pkg; done
К чему я это все: у меня в системе замер blender. Без пинка обновляться отказывается. Причина в том, в моем случае, что доступна новая версия (подключен репозиторий производителя) для пакетов blender и blender-data, но между ними есть конфликт - установка любого их них более новой версии приведет к удалению другого из них текущей версии

Однако по выводу первой из команд я получаю:
blender/bionic 89162-e3c586e262d-0thomas~bionic0 amd64 [может быть обновлён с: 2.79.b+dfsg0-1]
blender-data/bionic-updates,bionic-updates 2.79.b+dfsg0-1ubuntu1.18.04.1 all [может быть обновлён с: 2.79.b+dfsg0-1]
Далее для каждого из пакетов следует посмотреть доступные для установки новые версии (это все будет в выводе второго однострочника). В моем случае получаю:
#по первой команде:
blender/bionic 89162-e3c586e262d-0thomas~bionic0 amd64 [может быть обновлён с: 2.79.b+dfsg0-1]
blender-data/bionic-updates,bionic-updates 2.79.b+dfsg0-1ubuntu1.18.04.1 all [может быть обновлён с: 2.79.b+dfsg0-1]
#однострочник дает:
blender | 89162-e3c586e262d-0thomas~bionic0 | http://ppa.launchpad.net/thomas-schiex/blender/ubuntu bionic/main amd64 Packages
blender | 2.79.b+dfsg0-1ubuntu1.18.04.1 | http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/universe amd64 Packages
blender | 2.79.b+dfsg0-1 | http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
blender-data | 2.79.b+dfsg0-1ubuntu1.18.04.1 | http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/universe amd64 Packages
blender-data | 2.79.b+dfsg0-1ubuntu1.18.04.1 | http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates/universe i386 Packages
blender-data | 2.79.b+dfsg0-1 | http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
blender-data | 2.79.b+dfsg0-1 | http://ru.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/universe i386 Packages
Исходя из доступных вариантов вижу два варианта выхода из ситуации:
1. Установка пакета blender версии 89162-e3c586e262d-0thomas~bionic0 и будь что будет
2. Установка пакета blender-data версии 2.79.b+dfsg0-1ubuntu1.18.04.1 и будь что будет
Шаблон в общем случае:
sudo apt install <package name>=<version>
Следует запустить оба варианта и посмотреть по выводу apt install какая из установок в Вашем случае будет предпочтительней.
К примеру, я решился обновить сам blender:
sudo apt install blender=89162-e3c586e262d-0thomas~bionic0
В результате blender-data у меня улетел. Насколько я понимаю, в моем случае связано это с новым интерфейсом, - переполз я на бету. Можно так же скакануть обратно:
sudo apt remove blender* -y && sudo apt autoremove -y && sudo apt install blender-data=2.79.b+dfsg0-1 -y && sudo apt install blender=2.79.b+dfsg0-1ubuntu1.18.04.1 -y
(что я и сделал, т.к. новый интерфейс - хорошо, но сломанная завязка с OpenShotQT - плохо). Прочее пакетный менеджер сделает сам, вернулся к стоковому режиму с теми же зависшими двумя необновленными пакетами.
Попробовал вторую часть "вилки" - обновление пакета blender-data. В этом случае одно доступное обновление уходит, но сам пакет blender, который хочет обновиться до следующей версии, остается висеть. Причина: при его обновлении необходимо удаление пакета blender-data, что пакетный менеджер сам себе разрешить не может. Словом - выбор в любом случае за пользователем.
В Вашем случае: вывести для себя аналогичные две-три команды (дабы понимать, что обновляется и почему), погуглить про сакральный смысл этого обновления - что оно в себе таит, и надо ли оно Вам. После этого
создать бекап текущего состояния системы (с блендером я смело ворочу что хочу, т.к. он за собой полсистемы не потащит в любом случае), и выполнить один из вариантов "вилки" по примеру, который я обрисовал вкратце выше по тексту. Если не устроило - попробовать откатить назад средствами пакетного менеджера. Если совсем "швах" - восстановиться из бэкапа и попробовать альтернативный вариант. В каком-то из вариантов проблема должна по итогу Вас покинуть.
Сымитировать ситуацию у себя затрудняюсь. Меж тем, если Вам это поможет, вот версии пакетов, с которыми у Вас затык, установленный на момент у меня на KUbuntu 18.04:
libgl1-mesa-dev/bionic-updates,now 19.0.2-1ubuntu1.1~18.04.1 amd64 [установлен]
Для информации: удаление пакета, игнорируя его зависимости, по идее, можно выполнить через
sudo dpkg --remove --force-depends <имя_пакета>
если уж что-то начинает тащить за собой полсистемы - имеет смысл это что-то тихонечко пришибить и попробовать обновить остальное - глядишь недостающий кусок по зависимостям сам собой подтянется.
Еще интересная
мысль в тему Вашей проблемы.