drion, я делаю обычно так:
1. при установке не использую Раздел HOME, устанавливаю все в корень, при этом задаю имя пользователя и пароль такие же как и в прежней системе.
2. при первой же загрузке устанавливаю ecryptfs-utils и на всякий случай cryptsetup, т.к. с некоторых пор они в Ubuntu по умолчанию не установлены sudo apt install ecryptfs-utils cryptsetup
3. правлю fstab таким образом чтоб Раздел HOME монтировался в /homeUUID=[i]Раздела HOME[/i] /home ext4 defaults 0 2
... вместо ext4 слдует указывать свою ФС
4. shutdown -r now