можно его как портабельно сделать?
В Linuxе это не принято. Если цель, чтобы софт не гадил, то здесь он не гадит. Всё по стандарту. Хотя, может вам действительно надо на флешке таскать между разными компьютерами?
особенно когда надо с текстовиками cp1251 работать
Работа с win кодировкой это хорошо. А я долго искал Linuxовый редактор, который бы нормально открывал полубинарные файлы (не проглатывал символы) и нашел Adie. Например, конфиги Tox, в которых можно даже искать. Который к тому же подобно Опере 12 легко переваривает тяжелые txt файлы. Теперь не нужно запускать Akelpad в Wine.