большевик, при использовании репозитория пакет будет обновляться (если есть для него обновление) при обновлении системы.
А при установке из .deb файла, будет просто установлен пакет указанной версии (которую вы скачали) и автоматически обновляться он не будет, для этого нужно будет опять качать пакет новой версии и устанавливать его.
Думаю, что более опытные товарищи подправят меня, если я ошибся где.