Рассмотрим на примере KDE 4.1 и dolphin.
В d3lphin (для KDE 3) было меню "Open as root", но оно просто запускало "kdesu d3lphin", что не есть хорошо, т.к. при открытии чего-нибудь появлялось окошко "kdeinit could not launch xxxx". Так вот, в хау-ту рассказывается как запускать dolphin от имени root, избегая эту ошибку.
Чтобы добиться цели, нужно запустить файловый менеджер от имени root, а затем сразу kdeinit от имени root. В общем-то, это вся теория

Теперь создаем скрипт dolphin-root.sh и помещаем его в /usr/lib/kde4/bin (или как вам удобнее)
#!/bin/bash
kdesu /usr/lib/kde4/bin/dolphin &
if pgrep -u root kdeinit4
then
echo kdeinit4 already started
else
echo Starting kdeinit4 as root
kdesu /usr/lib/kde4/bin/kdeinit4 &
fi
Это должно работать, хотя появление каких-либо ошибок не исключено.
Еще я сделал запись в Кменю, чтобы быстрее было

Объяснять не буду, хелп по kmenuedit вам в помощь.
P.S. Для KDE 3 или konqueror скрипт будет похожим, переделать его не составит труда.