конфиг проверял, такой же как был?
некоторые программы при обновлении честно предупреждают, что имеется возможность установить новую версию конфига, и далее задается вопрос пользователю - поставить новый (поумолчанию) или оставить старый
по крайней мере, при обновлении через консоль (apt-get upgrade) это видно точно