config.default.php - это "умолчальный" конфигурационный файл из которого берутся значения конфигурационных переменных, если они не определены в "основном" конфиге.
config.inc.php - это основной конфигурационный файл, который создается при установке и находится в корневой директории phpMyAdmin. Сначала обрабатывается config.inc.php, если переменная не определена здесь, её значение берется из "умолчального" конфига config.default.php
config.sample.inc.php - конфигурационный файл-образец, созданный разработчиками в помощь пользователю. Нужно изменить значения определенных там переменных на свои, и сохранить его как config.inc.php.