В конфиге апача должно быть:
AllowOverride All
Править здесь:
/etc/apache2/sites-available/default
Если не заработает, надо активировать модуль:
sudo a2enmod rewrite
И не забудь конфиг перегрузить:
sudo /etc/init.d/apache2 force-reload
Вообще апач в Ubuntu странный, многие настройки нестандартные.