А что-нибудь в бубунте менял в плане настройки клавы? А в других приложениях Alt работает? Раскладку пробовал менять на английскую? Вообще говоря, очень странно. У меня всё с альтом работает в вайне. Вообще, на меню при нажатии альта переходит? Попробуй переконфигурировать console-setup:
sudo dkpg-reconfigure console-setup
на дефолтные значения всех параметров.
снести wine:
sudo aptitude remove wine
и поставить самый новый с их сайта, подключив репы. Ну, плюс загляни или вспомни не назначал ли ты в системе или в компизе что-то на сочетания Alt+кнопка. Компиз можешь на всяк тоже обрубить, если включён:
metacity --replace
Ты в общем явно где-то что-то сломал в каких-то настройках клавиш, потому как вооще говоря клавиши - это единственное, что не глючит в Wine))