Во-первых, нет значка в стандартной поставке эклипса с сайта. Во-вторых, не надо ставить его из репов, поскольку толку 0, а проще тупо распаковать. В третьих, проще всего для запуска командой eclipse создать ссылку на eclipse в /usr/bin (если всё сработает) или же при возникновении трудностей добавить каталок эклипса в PATH, но только в ~/.bashrc или ~/.profile. Но строго говоря я вообще не вижу смысла в том, чтобы делать так, чтоб eclipse запускался с помощью команды eclipse))) У меня два эклипса (один для С, один для Java), оба скачены с оф. сайта, лежат в разных папках, а на рабочий стол и в меню вынесены ярлыки. И всё.