Ну как с помощью чего? С помощью файла passwd))) Системными считаются все пользователи с UID < 1000, делаем выводы. А апплет небось берёт настройки из GDM, зайдите через меню администрирования в настройку окна входа в систему, сразу всё понятно станет. Да, я не мастер shell, так что для решения конкретной проблемы пожалуй могу вам подсунуть такую вот штуку:
#!/usr/bin/env perl
use 5.010;
open INFILE, "<", "/etc/passwd";
while (<INFILE>) {
my @str=split /:/, $_;
say $str[0] if $str[2] >= 1000;
}