Это по кнопке "Shut Down" такие проблемы? А если в консоли набрать sudo shutdown -h now ? Как реагирует система? Я, кстати, заметил, что эти 2 способа реально отличаются. Если я, например, делаю рестарт машины через кнопку в меню, то всё норм. А если через sudo reboot, то у меня не загружается видео драйвер (nVidia) почему-то... и некоторые Autostarted apps не запускаются....
Так что, возможно, команда отключения в консоли вас спасёт...