1. apt-cache policy <имя пакета>
2. Условия:
*) все файлы (пакеты с разными версиями) лежат в одной папке
*) создана папка new (удаление пакетов не будет происходить, а просто новые пакеты будут копироваться в нее, так безопасней)
*) ключом (по которому будем сличать пакеты) является имя пакета до первого подчеркивания
тогда:
for r in `ls -1 | egrep -o "^[^_]+" | uniq`; do cp -t new $(ls $r* -1 | tail -1); done;