я использовал dump/restore для переноса корневой файловой системы- они для этого чуть больше приспособлены, чем tar.
С liveCD:
$ sudo apt-get install dump
предположим, что / (root fs) это /dev/sda1, тогда
$ sudo dump 0f - /dev/sda1 | gzip > /media/4GB_flash/rootfs_dump.gz
Восстановление:
$ cd /mnt/new_root_partition
$ zcat /media/4GB_flash/rootfs_dump.gz | restore -rf -
PS. Вообще забавно, что dump работает с устройством, а restore восстанавливает в текущий каталог. Может чего не дочитал в man dump, man restore, но это точно работает- переносил свою систему на новый жесткий диск так, без каких либо проблем.