Э, ну например набросать примитивный php-скрипт (или что там у вас на сервере доступно), который будет считывать файл частями побайтово и записывать туда же, либо в новый файл. Правда, тут еще актуально максимально доступное на сервере время исполнения скрипта, но и это можно обойти - запоминать постоянно текущий прогресс.