Это баг эклипсы, там уже 2 багрепорта есть, пока никаких изменений.
В качестве обхода можно определить хотки из русской раскладки в пару к имеющимся английским, например, Save повесить на Ctrl-S и на Ctrl-ы.
Для всего, конечно, не наопределяешься, но кое-какие наиболее часто используемые кнопки можно так починить.