~ - это домашняя папка, то бишь /home/your_user_name
то есть тебе нужно открыть файл /home/your_user_name/.config/user-dirs.dirs и там уже смотреть какой папке уготована роль рабстола.
файлы и папки с точкой в начале по умолчанию в наутилусе скрываются. Чтобы их показать нажми ctrl+h, или покопайся в настройках наутилуса, чтобы они просто отображались всегда.
или вариант два - поставить ubuntu-tweak, там среди прочего есть настройки папок рабочего окружения.