Во-первых. Что бы не валялось у вас на рабочем столе на загрузку системы оно влиять не может.
Во-вторых. Если не работает CD-привод, то его можно и заменить, благо копейки стоит
В-третьих. Как это "Собственно запустился с флеши. Итог: Встала новая ubuntu" Вот так незаметно встала вас не предупредив??
В-четвертых. "Когда "выбирал ubuntu", экран гас и шла перезагрузка" Это уже больше на проблемы с grub похоже. Восстанавливать пытались?
В-пятых. Если у вас сейчас "новая ubuntu" тогда в чем проблема то? Проверить ФС "старой" убунты на ошибки, подмонтировать нужные разделы, перекинуть данные. Все.
Как-то слишком запутанно вы все описали.
Скажите лучше, сколько винтов у вас в компе, как разбиты, загрузка как осуществляется, на каком разделе что стоит?
Вывод комманд покажите
ls -al /dev/[sh]da*
sudo fdisk -l