Если бы ты ещё и сам смотрел логи, то увидел бы, что згрузится у тебя драйвер nv а не nvidia и никоим образом соответственно утилита nvidia-settings не должна запускаться и менять частоту. Ведь она же при загрузке, небось и говорит "А запукал ли ты nvidia-xconfig под рутом?"
Так что никаких чудес...
Итак, твои шаги:
sudo nvidia-xconfig
-перезапуск иксов
sudo nvidia-settings
выставляешь нужный тебе режим, сохраняешь в утилите Xconfig нажатием на соответствующую кнопку (проверь, к слову, что в ксорг.конфе появились изменения)
-перезапуск иксов
Проверка.